Miembro de una saga de futbolistas en la que también ha destacado su hermano Iván, Antonio Amaya llegó al Betis para reforzar la zona de atrás. Mel le conoce bien de cuando ambos coincidieron en el Rayo Vallecano. Sus buenas actuaciones en el conjunto franjirrojo le permitieron dar el salto hasta Inglaterra, al ser fichado por el Wigan. Sin embargo, la experiencia en la cuna del balompié no fue todo lo bien que Amaya esperaba y volvió a jugar en el Rayo, en calidad de cedido, siendo uno de los puntales del equipo adiestrado por José Ramón Sandoval que le valió finalmente lograr el ascenso de categoría de forma directa al igual que el Betis. Amaya regresó a la disciplina del Wigan pero semanas después logró su traspaso al equipo verdiblanco, con el que firmó un contrato por tres temporadas.
