Alex, Marty, Melman, Gloria, el rey Julien, Maurice, los pingüinos y los chimpancés se encuentran abandonados en las remotas playas de Madagascar. Para superar este obstáculo, los neoyorquinos han ideado un loco plan: los pingüinos han reparado un viejo aeroplano accidentado. Una vez que despega el primer vuelo de la compañía Aerolíneas Pingüino, la insólita tripulación consigue permanecer en ruta el tiempo suficiente como para llegar al lugar más salvaje de todos. En las inmensas llanuras africanas, los miembros del grupo de animales criados en el zoo de Nueva York se encontrarán por primera vez con miembros de su especie. África parece un buen sitio, pero no saben si es mejor que su hogar en Central Park.