Cazorla y Doñana, dos de los espacios protegidos más singulares de España, conforman el principio y el final del Guadalquivir. En el Parque Natural jiennense da sus primeros balbuceos. En la Cañada de las Fuentes, en el término municipal de Quesada, afloran las primeras aguas y a muchos kilómetros de distancia, en la gaditana Sanlúcar de Barrameda el río se vierte en el Atlántico, no sin antes reposar en las famosas Marismas del antiguo Coto de Doñana.

El curso fluvial más importante de Andalucía baña las provincias de Jaén, Córdoba, Sevilla y Cádiz, aunque tangencialmente se puede decir que es toda la Comunidad autónoma la que le aporta aguas a lo largo de su trayectoria.

El Parque Natural de Cazorla, Segura y Las Villas, regado por el Guadalquivir, destaca por su gran viariedad de fauna y flora. Cabra montés, gamo, ciervo, muflón, jabalí, águila perdicera... son algunos de numerosos animales que acoge. Además, hay unas 1.300 especies de flora, como el pino autóctono, el pino salgareño, enebros, sabinas, piornos y tomillares.

Editado por la Junta de Andalucía y el Ministerio de Medio Ambiente, el libro «El Río Guadalquivir» recoge una cuidada selección de trabajos elaborados por expertos en diferentes materias. El titulado «La cabecera del Guadalquivir: Cazorla», está escrito por Pedro Jordano Barbudo, quien afirma: «El nacimiento del Guadalquivir no sólo alberga la cuna del río; contiene también la mejor muestra de riqueza y diversidad natural que podemos encontrar en todo el valle».

«Las sierras de Cazorla, Segura y las Villas —añade— constituyen una reserva de biodiversidad excepcional en el territorio andaluz y a escala peninsular». Además de Parque Natural, Cazorla, Segura y las Villas es Reserva de la Biosfera y Zona de Especial Protección de las Aves.

Francisco Valle Tendero y Carlos Salazar Mendías se encargan en la misma obra de analizar la vegetación del Guadalquivir, y de la zona donde nace el río dicen: «Las sierras eminentemente calizas que tienen su mayor exponente en Andalucía oriental son la cuna del Guadalquivir. Numerosos afluentes recorren un paisaje que va desde las altas cumbres de las sierras de Cazorla y Mágina pasando por las grandes sierras de Castril y La Sagra, hasta la media montaña de la subbética cordobesa.

Entrando en el Parque Natural del Alto Guadalquivir, destaca la presencia de una interesante vegetación palustre y ribereña, que sirve de alimento y cobijo a especies como el calamón, la garza imperial, la garza real y la malvasía.

Camino del mar, el Guadalquivir llega a las Marismas que llevan su nombre, lo que se conoce como el antiguo estuario y corazón del Espacio Natural de Doñana. Se trata de una ensenada litoral colmatada por depósitos marinos y fluviales de aluvión.

ABC. El Guadiamar, afluente del Guadalquivir, fue restaurado a raíz de la catástrofe de Aznalcóllar, lo que permitió la apertura de un «corredor verde»

Más de 150 especies de aves tienen a las marismas como lugar de paso o invernada y unas 100 como hábitat de cría. Destacan las aves pescadoras de aguas poco profundas, como los patos marinos, cormoranes y gaviotas. En Doñana abunda también el flamenco, la cigüeñuela, la avoceta, el ánsar y las cigüeñas. Dos de sus especies más emblemáticas son el lince ibérico y el águila imperial, ambas en peligro de extinción.

El accidente de la mina de Aznalcóllar en la madrugada del 25 de abril de 1998 puso en serio peligro las marismas del entonces Parque Nacional, y el arrastre de los lodos tóxicos por el río Guadiamar alcanzaron al estuario del Guadalquivir.

La Junta de Andalucía, por un lado, acometió el proyecto de restauración del Guadiamar haciendo realidad el Corredor Verde. La Administración del Estado llevó a cabo asimismo una importante labor con el proyecto «Doñana 2005», todavía no cerrado, El objetivo de este último es restaurar el sistema hidrológico de la marisma, para recuperar la funcionalidad y biodiversidad del humedal.

Desde febrero de 2005, los comités científicos que dirigían independientemente ambos proyectos se unieron para formar una única Comisión Científica.

El Proyecto «2005» consta de un conjunto de actuaciones sobre las cuencas y cauces vertientes a la marisma del Parque Nacional de Doñana, (cuencas del río Guadiamar, y cuencas de los arroyos que drenan las arenas occidentales) que deben poder permitir alcanzar los siguientes objetivos:

Restaurar las aportaciones de agua a la marisma, en cantidad y calidad, necesarias para restaurar la dinámica hídrica propia de la marisma de Doñana.

También persigue mantener, de forma ininterrumpida, la permeabilidad entre la marisma de Doñana y el estuario del río Guadalquivir asegurando la incorporación de caudales.

La Administración ha establecido un sistema de seguimiento, evaluación y monitorización que permite una valoración del cumplimiento del plan. Asimismo se dispone de un programa de investigación y una línea específica de divulgación, difusión y presentación de los resultados.

El plan quiere evitar temporalmente la incorporación al interior de la marisma de Doñana de aguas contaminadas o cargadas en sedimentos, mientras exista ese riesgo. Igualmente, es preciso evitar que tales aguas puedan ser incorporadas a los sistemas acuíferos o ponerse a disposición de cualquier usuario.